Die Kawasaki Ninja 400 hat insgesamt ein schärferes Design erhalten und dazu tragen auch die LED-Lichter bei. Beide haben Ab- und Aufblendlicht und Positionslichter. Sie sind nicht nur für andere gut sichtbar, sondern haben auch eine höhere Leuchtkraft für bessere Sicht des Fahrers.

Der 399ccm Motor der Ninja 400 liefert eine ausgezeichnete Balance aus Leistung und Fahrbarkeit. Der Motor liefert an jedem Punkt im Drehzahlband mehr Leistung, als der Vorgänger. Dank seines effizienten Designs, ist er in seiner Kompaktheit größentechnisch mit einem 250ccm-Motor vergleichbar.

Die Ninja 400 hat ein größeres Cockpit erhalten. Der Drehzahlmesser bleibt analog, an einer Seite befinden sich Warnleuchten, auf der anderen das Multifunktions-LCD und der Ganganzeiger.

Mit einem Durchmesser von 310 mm (die gleiche Bremsscheibengröße wie bei der ZZR1400) bietet die semischwimmend gelagerte Vorderrad-Bremsscheibe der Ninja 400 sichere Bremsleistung. Ein neuer Hauptbremszylinder vorn verschafft der Bremse ein direkteres Ansprechverhalten. Zudem wurden die Maße und Materialien für die Bremsleitung sorgfältig ausgewählt, um ein gutes Feedback und optimale Kontrollierbarkeit beim Bremsen zu gewährleisten. Die Ninja 400 verfügt außerdem über ein ABS der Firma Nissin, dass momentan das kompakteste und leichteste System auf dem Markt ist. 

Die Sitzposition ist  für ein breites Spektrum an Fahrergrößen und Fahrsituationen geeignet. Die erhöhte Lenkerposition und die leicht nach vorne verlagerte Position der Fußrasten versetzen den Fahrer in eine optimale Fahrhaltung, die eine bessere Kontrolle des Motorrads ermöglicht, ohne es an Fahrkomfort vermissen zu lassen. 

Die Sitzhöhe beträgt nur 785 mm. In Verbindung mit dem schlanken Design von Fahrersitz und Motor kann der Fahrer bequem mit den Füßen den Boden erreichen.

Der Einfluss durch die Ninja H2 ist deutlich erkennbar: an der typischen Verkleidungslippe unterhalb der Scheinwerfereinheit und am Design der Heckverkleidung.

Die Ninja 400 besitzt einen Gitterrohrrahmen, der dem der Ninja H2 ähnelt. Der Motor ist starr montiert und dient als tragendes Element. Dank der neuen Rahmenkonstruktion ist das Gewicht des Motorrads deutlich niedriger.